La differenza sostanziale tra Mobile App e Web App risiede nella fruibilità, ad esempio le prime possiamo scaricarle da App store o Google Play, sono veloci e vengono sviluppate per la specifica piattaforma ospitante ma richiedono un aggiornamento costante; le seconde sono accessibili tramite browser e si adattano al dispositivo in uso come ad esempio Gmail la cui grafica richiama quella di una Mobile App e può essere consultata tramite qualsiasi browser installato senza la necessità di essere installata sullo smartphone.
Altro aspetto importante che le contraddistingue: le Web App necessitano di un collegamento internet attivo, mentre le Mobile App funzionano anche offline.